《黑礁 第二季》讲述一个普通的上班族冈岛绿郎被卷入走私犯罪事件，无可奈何下放弃了原本的工作，加入了日后的四人佣兵团，驾驶着经过改装的鱼雷艇Black Lagoon（黑色礁湖）号，接手各种危险的CASE。故事的地点设在一个虚构的泰国海滨城市罗阿那普拉(Roanapur)。Black Lagoon商会的雇主多为聚集在罗阿那普拉的各个黑帮势力，任务一般是在海上运送各种各样的货物或协助别人逃跑。Black Lagoon商会主要的运输工具是一艘配备鱼雷的海上快艇。