《超时空要塞  第一部》讲述公元1999年7月，发生了一件改变人类命运的事件：一艘巨大的外星飞船坠落到地球上位于南太平洋的麦克罗斯岛(MacrossIsland)上。8月，联合国调查研究组织开始对飞船进行检查。9月，根据调查报告，发现这是外星人的宇宙船，从飞船的电脑资料里，人们找到了超过现阶段万年以上的先进技术，并证实了强大地外文明的存在，存在身材高大的外星人。在这种压倒一切的存在面前，一切的民族纷争和政治冲突都变得微不足道了，面对着宇宙中随时可能出现的敌人，人类第一次联合起来。