《花与爱丽丝杀人事件剧场版》讲述主题语史上最强的转校生爱丽丝，史上最强的家里蹲花，两个人相遇的时候，发生了世界上最小的杀人事件。在烂漫的季节里石之森学园中学迎来了新的学年，被人称作爱丽丝的初三女孩有栖川彻子（苍井优配音）转学来到这里。虽然爱丽丝可爱灵巧，但是似乎新同学们对她的到来有诸多忌惮，这令她倍感郁闷。未过多久，爱丽丝从同学陆奥睦美口中听说了一年之前发生在3年2组一个杀人事件的传言汤田，被自己的四个妻子（随其姓汤田）所杀，并且还听闻她所居住的这个家隔壁的房屋被周围人们称为花屋敷，一直是附近的中学生都惧怕着不敢轻易靠近的地方。据说花屋敷内住着的长期旷课的女孩刚好也是爱丽丝的同学，爱丽丝认为被人称作花的同级生荒井花（铃木杏配音）应该知道详细情况，为了弄清关于杀人事件的真相，决定潜入花屋敷一探究竟。所谓的汤田被杀事件究竟是怎么回事，花又为什么闭门不出，两个原本互不相识的少女，为解开这起世界上最小的杀人事件的谜团走到一起，并且携手开始了不同寻常的冒险之旅。