《忍者战士飞影》讲述公元23世纪，人类已经移民到了火星。某日，火星出现了一艘外型颇像纸鹤的外星人宇宙飞船，并且还有另一股拥有忍者造型的外星人势力正在追杀它。对火星军高压政策不满的少年少女乔、麦克与雷咪，意外地卷入了这场外星人之间的争斗。而乔更是启动了连纸鹤船外星人自己都无法驾驶的机械人黑狮子，帮助了纸   鹤船上的外星人。之后，乔等人得知，纸鹤船上的外星人来自遥远的拉多利欧星，而该星球正遭受到布姆军的侵略。美丽的拉多利欧星公主罗米娜受到其父指示，带着传说中三台无敌，但却无人能驾驶的机械人前往银河另一端的地球，寻找传说中可以驾驶机械人的忍者一族，以挽救母星的危机。而将自己种族出生率降低的危机，归咎于人们缺乏竞争心，而展开侵略大业的布姆军，则和野心勃勃的火星军司令连手，在以优势大军追杀纸鹤舰之余，也开始准备要染指地球。不过，乔一行人与危急时必然会神秘现身的忍者机械人飞影，自然不会让布姆军的计划得逞。只不过乔与拉多利欧星人彼此的立场冲突，也让这场逃亡与对抗之旅变得更为复杂